Evaluation of colony formation dataset of simulated cell cultures

Kiss, Dániel, Kertész, Gábor, Jaskó, Máté, Szénási, Sándor, Lovrics, Anna, Vámossy, Zoltán (2020) Evaluation of colony formation dataset of simulated cell cultures Annales Mathematicae et Informaticae. 51. pp. 41-52. ISSN 1787-6117 (Online)

pdf 41_52_Kiss.pdf Download (986kB)

Absztrakt (kivonat)

In vitro biological experiments and in silico individual-based computa- tional models are widely used to understand the low-level behavior of cells and cellular functions. Many of these functions can not be directly observed, however, may be deduced from other properties that can be well measured and modeled. In this paper, we present a procedure to evaluate synthetic cell colony formation generated by an off-lattice individual-based model. The calculated shape features of the artificial cell aggregates can be related to the parameter values of the simulated agents, therefore this data can be used to quantify properties of real-life cells such as motility or binding affinity that can not be easily determined otherwise. Our experiments showed that only a few of these parameters are responsible for the difference in shape features of the colonies.

Mű típusa:	Folyóiratcikk
Szerző:	Szerző neve MTMT azonosító ORCID azonosító Közreműködés Kiss, Dániel NEM RÉSZLETEZETT NEM RÉSZLETEZETT Szerző Kertész, Gábor NEM RÉSZLETEZETT NEM RÉSZLETEZETT Szerző Jaskó, Máté NEM RÉSZLETEZETT NEM RÉSZLETEZETT Szerző Szénási, Sándor NEM RÉSZLETEZETT NEM RÉSZLETEZETT Szerző Lovrics, Anna NEM RÉSZLETEZETT NEM RÉSZLETEZETT Szerző Vámossy, Zoltán NEM RÉSZLETEZETT NEM RÉSZLETEZETT Szerző
Kapcsolódó URL-ek:	Folyóirat honlapja
Kulcsszavak:	modeling in vitro cells; colony formation; agent-based simulation; parameter inference; machine learning
Nyelv:	angol
Kötetszám:	51.
DOI azonosító:	10.33039/ami.2020.07.010
ISSN:	1787-6117 (Online)
Felhasználó:	Tibor Gál
Dátum:	23 Júl 2020 14:03
Utolsó módosítás:	23 Júl 2020 14:03
URI:	http://publikacio.uni-eszterhazy.hu/id/eprint/6315

Műveletek (bejelentkezés szükséges)

Tétel nézet